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高通量计算与数据库培训
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课程介绍
课程目录
讲师介绍

课程简介

课程介绍了材料科学常见数据库、数据库管理工具、高通量计算中常涉及的ASE模块的使用,并包含大量真实研究案例。根据黄老师的使用经验,课程避繁就简,可以帮助大家快速掌握高通量计算与数据库的基本知识,并快速使用到自己的研究之中。


课程内容

一、 Materials Project数据库


学习Materials Project数据库的基本使用,学习使用Python下载Materials Project中的数据,学习数据的批量下载,数据的筛选。



二、  Matminer


介绍matminer工具,学习使用matminer下载内置的数据集,学习下载数据集时下载失败的解决办法,结合MP对比不同物质实验与计算的带隙结果。




三、JSON文件


学习Ctrine数据库,催化吸附CPD数据库的使用,学习JSON格式,学习读写JSON文件,使用Python操作CPD数据库数据。




四、OQMD数据库


学习ICSD数据库的使用,学习OQMD数据库的基本使用,利用OQMD数据库进行相图制作,使用OQMD数据库进行数据检索、数据下载,复现文献对OQMD数据库的使用,登录OQMD数据库镜像,对OQMD数据库原始数据进行筛选与下载。



五、AFLOW数据库


了解AFLOW数据库数据来源,学习在AFLOW界面进行材料检索与下载,学习AFLOW中URL的设置方法,使用AFLUX进行材料检索,学习使用AFLUX批量进行数据下载。



六、 Atomic Simulation Environment(ASE)


了解ASE库基本数据类型,学习使用ASE进行基础建模,学习利用ASE进行结构文件格式转换,学习使用ASE编写随机掺杂取代脚本,学习利用ASE进行原子固定,使用ASE批量构建POSCAR文件,并学习使用Shell脚本对大量POSCAR进行提交。





七、数据库管理工具

1. 新材料研发
2. MP数据库
3. matminer数据库
4. JSON文件
5. OQMD数据库
6. MySQL
7. AFLOW数据库
8. ASE
9. MongoDB
10. 高通量筛选

直播讲师:黄老师

黄博士:华算科技全职技术专家,武汉大学本科,北京大学博士,新加坡国立大学访问学者。目前已发表SCI文章共20篇,其中第一作者文章5篇,单篇最高影响因子>40。 从事理论计算与实验化学研究工作十年,擅长使用机器学习进行化学理论的研究及实验数据的处理,曾获华中地区数学建模邀请赛三等奖,北京大学游戏AI对抗全国邀请赛第四名等相关奖项。

课程目录
1. 新材料研发
2. MP数据库
3. matminer数据库
4. JSON文件
5. OQMD数据库
6. MySQL
7. AFLOW数据库
8. ASE
9. MongoDB
10. 高通量筛选
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