课程简介
课程介绍了材料科学常见数据库、数据库管理工具、高通量计算中常涉及的ASE模块的使用,并包含大量真实研究案例。根据黄老师的使用经验,课程避繁就简,可以帮助大家快速掌握高通量计算与数据库的基本知识,并快速使用到自己的研究之中。
课程内容
一、 Materials Project数据库
学习Materials Project数据库的基本使用,学习使用Python下载Materials Project中的数据,学习数据的批量下载,数据的筛选。
二、 Matminer
介绍matminer工具,学习使用matminer下载内置的数据集,学习下载数据集时下载失败的解决办法,结合MP对比不同物质实验与计算的带隙结果。
三、JSON文件
学习Ctrine数据库,催化吸附CPD数据库的使用,学习JSON格式,学习读写JSON文件,使用Python操作CPD数据库数据。
四、OQMD数据库
学习ICSD数据库的使用,学习OQMD数据库的基本使用,利用OQMD数据库进行相图制作,使用OQMD数据库进行数据检索、数据下载,复现文献对OQMD数据库的使用,登录OQMD数据库镜像,对OQMD数据库原始数据进行筛选与下载。
五、AFLOW数据库
了解AFLOW数据库数据来源,学习在AFLOW界面进行材料检索与下载,学习AFLOW中URL的设置方法,使用AFLUX进行材料检索,学习使用AFLUX批量进行数据下载。
六、 Atomic Simulation Environment(ASE)
了解ASE库基本数据类型,学习使用ASE进行基础建模,学习利用ASE进行结构文件格式转换,学习使用ASE编写随机掺杂取代脚本,学习利用ASE进行原子固定,使用ASE批量构建POSCAR文件,并学习使用Shell脚本对大量POSCAR进行提交。
七、数据库管理工具
黄博士:华算科技全职技术专家,武汉大学本科,北京大学博士,新加坡国立大学访问学者。目前已发表SCI文章共20篇,其中第一作者文章5篇,单篇最高影响因子>40。 从事理论计算与实验化学研究工作十年,擅长使用机器学习进行化学理论的研究及实验数据的处理,曾获华中地区数学建模邀请赛三等奖,北京大学游戏AI对抗全国邀请赛第四名等相关奖项。