2. 分子结构

MView可以通过SMILES创建分子结构,也可以通过导入含分子结构的文件导入分子结构。

2.1. 创建分子

在对应文本框中输入分子的SMILES,单击生成结构,即可生成对应的分子结构。

../_images/MView_2.1.1.png

2.2. 导入分子

通过将文件拖入MView主窗口,或者点击【打开】按钮、点击菜单栏【文件】-【打开】、键盘输入O+O快捷键并进行选择,均可打开对应的分子结构文件。

支持的输入格式有:

  • Gaussian输出文件(.out或.log)

  • ORCA输出文件(.out)

  • xTB输出文件(.log)

  • PySCF输出文件(.txt)

  • Dmol3输出文件(.outmol)

  • Gaussian检查点文件(.fch或.fchk)

  • Gaussian输入文件(.gjf)

  • ORCA输入文件(.inp)

  • PubChem的JSON文件(.json)

  • 其它包含分子结构的文件(.mol,.mol2,.pdb,.xsd,.xyz)

如果是包含多个结构的文件,将默认读取最后一个结构到MView中。

2.3. 查看分子

../_images/MView_2.3.1.png

2.3.1. 显示分子坐标

在生成或导入分子结构后,输出界面将自动显示分子中各原子的坐标数值,数据最后一列将显示原子电荷值,如导入文件中不存在电荷信息,则最后一列显示0.00。

单击工具栏中【清空显示】按钮能够清除输出窗口显示的文本信息,MView中的分子结构不会被清除。

单击工具栏中【显示坐标】按钮能够重新输出分子的坐标数值。

2.3.2. 可视化

MView目前不自带可视化功能,可以借助外接可视化程序的方式实现可视化。

外接好可视化工具后,单击工具栏中的【显示分子】按钮即可调用对应工具显示分子结构。

2.4. 删除分子

单击【编辑】-【清除分子】,可以删除MView中的分子,同时出界面不会清空。

单击工具栏中【重置】按钮,可以重置整个MView程序,此时MView中的分子将被删除,且输出界面将会清空。

注意:删除分子是不可逆操作,将会完全丢失程序中的分子信息!

2.5. 保存分子

在MView中存在分子结构的情形下,单击工具栏中【保存】按钮,可以将分子数据保存为文件。

支持的输出格式有:

  • Gaussian直角坐标输入文件(.gjf)

  • Gaussian内坐标输入文件(.gjf)

  • Orca输入文件(.inp)

  • 其它常见分子结构文件(.mol,.mol2,.pdb,.xyz)