2 分子结构
MView可以通过SMILES创建分子结构，也可以通过导入含分子结构的文件导入分子结构。
2.1 创建分子
点击生成结构按钮，在对应文本框中输入分子的SMILES，按回车或单击生成结构，即可生成对应的分子结构。
2.2 导入分子
通过将文件拖入MView主窗口，或者点击【打开】按钮、点击菜单栏【文件】-【打开】、依次按两次O键（快捷键 O, O）并进行选择，均可打开对应的分子结构文件。
使用打开对话框时，请先在【文件类型】中选择与文件内容一致的格式，再选择文件。
例如XYZ结构应选择 xyz(*.xyz)，Gaussian和ORCA输出文件虽都可能以 .out 结尾，也需选择各自的类型。
支持的输入格式有：
CP2K坐标文件（按
CP2K coord(*)类型打开）CP2K输入文件（.inp）
CP2K振动文件（VIBRATIONS.mol）
Dmol3输出文件（.outmol）
Gaussian格式化检查点文件（.fch或.fchk）
Gaussian输入文件（.gjf或.com）
Gaussian输出文件（.out或.log）
mol文件（.mol或.sdf）
mol2文件（.mol2）
ORCA输入文件（.inp）
ORCA输出文件（.out）
pdb文件（.pdb）
Psi4输入文件
Psi4输出文件
PubChem的JSON文件（.json）
PySCF输出文件（.txt）
xsd文件（.xsd）
xTB输出文件（.log）
xTB输出文件（g98.out）
xyz文件（.xyz）
如果是包含多个结构的文件，将默认读取最后一个结构到MView中。
2.3 查看分子
2.3.1 显示分子坐标
在生成或导入分子结构后，输出界面将自动显示分子中各原子的坐标数值，数据最后一列将显示原子电荷值，如导入文件中不存在电荷信息，则最后一列显示0.00。
单击工具栏中【清空显示】按钮能够清除输出窗口显示的文本信息，MView中的分子结构不会被清除。
单击工具栏中【显示坐标】按钮能够重新输出分子的坐标数值。
2.3.2 可视化
MView 0.5.0自带分子三维视图，生成或导入分子后自动显示在主界面中间，无需另装可视化软件。
通过视图上方的下拉框选择【球棍】、【棒状】或【范德华球】。
在视图中按住鼠标左键拖动可旋转结构，按住中键拖动可平移，滚轮可缩放。
单击【适应窗口】可将结构调整至适合当前窗口的视野。
视图下方显示原子数与键数。视图仅显示已有键信息；XYZ等不含键的文件导入后可能只显示原子，可单击【计算键信息】补充成键信息。
如需调用外部工具，先完成第1章的外接配置，再在【设置】-【可视化工具】中选择对应程序，单击工具栏【显示分子】。 选择【设置】-【可视化工具】-【MView】可切回内置显示。
2.4 删除分子
单击【编辑】-【清除分子】，可以删除MView中的分子，同时输出界面不会清空。
单击工具栏中【重置】按钮，可以重置整个MView程序，此时MView中的分子将被删除，且输出界面将会清空。
注意：删除分子是不可逆操作，将会完全丢失程序中的分子信息！
2.5 保存分子
在MView中存在分子结构的情形下，单击工具栏中【保存】按钮，可以将分子数据保存为文件。
支持的输出格式有：
Gaussian直角坐标输入文件（.gjf）
Gaussian内坐标输入文件（.gjf）
Orca输入文件（.inp）
其它常见分子结构文件（.mol，.mol2，.pdb，.xyz）
Turbomole坐标文件（.tmol）
CP2K坐标文件（保存对话框中的
CP2K coord file(*)）
2.5.1 总电荷与自旋多重度
0.5.0在保存Gaussian或ORCA输入文件时会确认分子的电子态。按提示输入总电荷（整数）与自旋多重度（正整数）， 确认有效后才会继续导出；取消或校验失败时不会继续该次导出。
这里的总电荷描述整个分子或团簇，自旋多重度应与目标体系的电子态相符，不能直接用坐标表中某个原子的部分电荷代替。 例如中性闭壳层体系通常使用总电荷0、自旋多重度1；离子和开壳层体系应按实际体系设置。