3. 分子信息

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3.1. 显示分子信息

单击工具栏中的【分子信息】按钮，可以得到分子的基本信息。

  • 化学式：各原子数目

  • SMILES式：分子对应的SMILES

  • 分子直径：分子外切球的直径，包含原子的范德华半径

  • 分子尺寸：分子外切长方体的三边边长，包含原子的范德华半径

  • NMR数据：文件中的NMR数据

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3.1.1. 简化分子线性输入规范（SMILES）

简化分子线性输入规范（Simplified Molecular Input Line Entry Specification，简称SMILES）指使用一个ASCII字符串描述分子结构的规范。 在从分子结构生成SMLES的过程中，需要分子的键合信息，如果导入文件不包含分子键信息，或键信息显示对应结构并非分子结构（例如两个分子复合结构），MView将无法生成SMILES。

3.1.2. 分子尺寸

显示MView预估的分子尺寸，注意分子尺寸的计算与分子主轴有关，所以给出的外切长方体并非一定是分子的最小外切长方体。

3.1.3. NMR数据

如果导入的文件包含计算的NMR数据，显示分子信息时将会同时显示计算得到的各H原子与C原子的屏蔽值。 目前支持Gaussian与ORCA的NMR计算结果。

3.2. 分子键信息

分子中各原子的成键情况是判断分子性质的简单依据。如导入的文件中包含键信息，MView将读取相应数据，反之则只导入了各原子名称与坐标，未包含成键信息。可以通过可视化查看目前分子中的键合情况。

点击【计算键信息】，将会使用MView重新判断分子成键情况，并将判断结果加入分子中。
点击【删除键信息】，则会删除分子中的键合信息。

3.3. 分子预优化

当分子结构较为复杂时，MView生成的结构可能存在不合理的情形。 通过预优化，可以获得较为合理的分子结构，方便后续用于计算。

点击工具栏中的【分子预优化】按钮，即可对分子进行预优化，预优化需借助计算引擎，不同计算引擎的计算方法如下：

  • MView：使用内部的优化方法

  • Gaussian：使用UFF进行优化

3.4. 分子电荷

分子电荷是判断分子化学性质的重要工具，点击工具栏中的【自动分配电荷】按钮，即可快速对分子进行自动电荷分配。

自动分配电荷需借助计算引擎，不同计算引擎对应分配电荷方法如下：

  • MView：暂不支持自动分配电荷

  • Gaussian：使用QEq电荷