3. 分子信息

../_images/MView_3.1.1.png

3.1. 显示分子信息

单击工具栏中的【分子信息】按钮,可以得到分子的基本信息。

  • 化学式:各原子数目

  • SMILES式:分子对应的SMILES

  • 分子几何中心:分子各原子坐标的平均值

  • 分子质心:分子各原子坐标的质量权重平均值

  • 偶极信息:如果文件中包含原子电荷信息,将会显示偶极计算结果

3.1.1. 简化分子线性输入规范(SMILES)

简化分子线性输入规范(Simplified Molecular Input Line Entry Specification,简称SMILES)指使用一个ASCII字符串描述分子结构的规范。 在从分子结构生成SMLES的过程中,需要分子的键合信息,如果导入文件不包含分子键信息,或键信息显示对应结构并非分子结构(例如两个分子复合结构),MView将无法生成SMILES。

3.2. 分子尺寸

点击【计算分子尺寸】,可显示MView预估的分子尺寸,注意分子尺寸的计算与分子主轴有关,所以给出的外切长方体并非一定是分子的最小外切长方体。

3.3. 分子平面

点击【计算分子平面】,可以查看分子的最佳拟合平面。

3.4. 转换分子

将分子的坐标进行转换,选择转换至坐标原点,可以将分子质心移至坐标轴原点,选择转换至xy平面、xz平面、yz平面,可以将分子转换至对应平面上。

3.5. 分子键信息

分子中各原子的成键情况是判断分子性质的简单依据。如导入的文件中包含键信息,MView将读取相应数据,反之则只导入了各原子名称与坐标,未包含成键信息。可以通过可视化查看目前分子中的键合情况。

点击【计算键信息】,将会使用MView重新判断分子成键情况,并将判断结果加入分子中。
点击【删除键信息】,则会删除分子中的键合信息。

3.6. 分子预优化

当分子结构较为复杂时,MView生成的结构可能存在不合理的情形。 通过预优化,可以获得较为合理的分子结构,方便后续用于计算。

点击工具栏中的【分子预优化】按钮,即可对分子进行预优化,预优化需借助计算引擎,不同计算引擎的计算方法如下:

  • MView:使用内部的优化方法

  • Gaussian:使用UFF进行优化

3.7. 分子电荷

分子电荷是判断分子化学性质的重要工具,点击工具栏中的【自动分配电荷】按钮,即可快速对分子进行自动电荷分配。

自动分配电荷需借助计算引擎,不同计算引擎对应分配电荷方法如下:

  • MView:使用内部的电荷分配方法

  • Gaussian:使用QEq电荷

3.8. NMR数据

如果导入的文件包含计算的NMR数据,可以通过核磁计算结果工具显示计算得到的各H原子与C原子的屏蔽值。 目前支持Gaussian与ORCA的NMR计算结果。