1 软件安装
1.1 安装
MView可通过点击下载按钮直接获取(Click the button to download MView)
MView 0.5.0提供Windows单文件程序 MView 0.5.0.exe,无需安装,双击即可运行。
首次启动时请等待程序完成加载。如果下载得到的是压缩包,应先解压再运行其中的exe文件。
如果文件消失或被安全软件拦截,请参考1.2节。
MView软件主界面如下,左侧为功能按钮,中间为内置分子三维视图,右侧为文本输出区。
打开软件后,可通过拖入、单击工具栏【打开】按钮、单击菜单栏【文件】-【打开】的方式导入分子结构文件或量子力学计算结果文件。
1.2 软件被误杀的解决方案
Windows与其它杀毒软件对exe文件类型有严格的检查机制,如果MView下载后消失,或双击后长时间无反应,表明MView可能被安全软件隔离或阻止。此时请先确认MView程序来自官方下载渠道。如下载渠道可信,可考虑恢复软件,添加白名单等方法。
1.3 外接程序
MView本身可以独立使用,外接计算引擎与可视化工具可以扩展MView的功能。
1.3.1 通用的外接程序方法
对于任何支持的外接程序,可使用两种方法进行外接,一种是将MView置于与外接程序同级文件夹中进行使用,另一种是将需要外接的程序的环境变量添加到Windows中。 前者只需进行复制粘贴,没有复杂操作,后面介绍各引擎外接时均只介绍通过环境变量外接的方法。
1.3.2 计算引擎
MView基本功能无需外接计算引擎,预优化与自动分配电荷可使用内置MView引擎。 如需使用Gaussian执行这些操作,应先完成外接配置,并在【设置】-【计算引擎】中选择Gaussian。
目前支持的外接计算软件为Gaussian16。
1.3.2.1 Gaussian16
下载并安装Gaussian16
右键【此电脑】,单击【属性】,选择【关于】,单击【高级系统设置】,单击【环境变量】
在用户变量列表中,双击变量为Path的行,弹出编辑环境变量窗口,双击窗口中最下方空白项处,并粘贴上Gaussian安装的地址,即g16.exe项目所在地址,点击【确定】
在用户变量列表中,点击【新建】,变量名填写GAUSS_EXEDIR,变量值填写Gaussian安装的地址,点击各级目录【确定】按钮
重启计算机
打开MView,单击【设置】-【检查连接】,计算引擎中Gaussian项显示Gaussian安装地址,即表示MView与Gaussian外接成功
1.3.3 可视化工具
MView 0.5.0内置分子模型可视化工具,默认使用【设置】-【可视化工具】-【MView】。 生成或导入分子后即可在主界面查看结构;三维视图的操作方法见第2章。
如需使用外部程序,可按下文配置Jmol、Avogadro、GaussView或VESTA,再在【设置】-【可视化工具】中选择对应程序, 单击工具栏【显示分子】调用。切回【MView】即可使用内置显示。
1.3.3.1 Jmol
下载并安装Java(https://www.java.com/download/ie_manual.jsp)
下载并安装Jmol(https://sourceforge.net/projects/jmol/files/latest/download?source=files)
右键【此电脑】,单击【属性】,选择【关于】,单击【高级系统设置】,单击【环境变量】
在用户变量列表中,双击变量为Path的行,弹出编辑环境变量窗口,双击窗口中最下方空白项处,并粘贴上Jmol安装的地址,即Jmol.jar项目所在地址,点击各级目录【确定】按钮
重启计算机
打开MView,单击【设置】-【检查连接】,可视化工具中Jmol项显示Jmol安装地址,即表示MView与Jmol外接成功
1.3.3.2 Avogadro
下载并安装Avogadro(https://sourceforge.net/projects/avogadro/files/latest/download)
右键【此电脑】,单击【属性】,选择【关于】,单击【高级系统设置】,单击【环境变量】
在用户变量列表中,双击变量为Path的行,弹出编辑环境变量窗口,双击窗口中最下方空白项处,并粘贴上Avogadro安装位置bin文件夹地址,即avogadro.exe项目所在地址,点击各级目录【确定】按钮
重启计算机
打开MView,单击【设置】-【检查连接】,可视化工具中Avogadro项显示Avogadro安装地址,即表示MView与Avogadro外接成功
1.3.3.3 GaussView
下载并安装GaussView
右键【此电脑】,单击【属性】,选择【关于】,单击【高级系统设置】,单击【环境变量】
在用户变量列表中,双击变量为Path的行,弹出编辑环境变量窗口,双击窗口中最下方空白项处,并粘贴上GaussView安装的地址,即gview.exe项目所在地址,点击各级目录【确定】按钮
重启计算机
打开MView,单击【设置】-【检查连接】,可视化工具中GaussView项显示GaussView安装地址,即表示MView与GaussView外接成功
1.3.3.4 VESTA
下载并安装VESTA
将VESTA.exe项目所在地址添加到环境变量中
重启计算机
打开MView,单击【设置】-【检查连接】,确认可视化工具中VESTA项显示安装地址,再选择【设置】-【可视化工具】-【VESTA】