===========
2. 分子结构
===========

MView可以通过SMILES创建分子结构，也可以通过导入含分子结构的文件导入分子结构。

2.1. 创建分子
=============

在对应文本框中输入分子的SMILES，单击生成结构，即可生成对应的分子结构。

.. image:: ../_image/MView_2.1.1.png

2.2. 导入分子
=============

通过将文件拖入MView主窗口，或者点击【打开】按钮、点击菜单栏【文件】-【打开】、键盘输入O+O快捷键并进行选择，均可打开对应的分子结构文件。

支持的输入格式有：

* Gaussian输出文件（.out或.log）
* ORCA输出文件（.out）
* xTB输出文件（.log）
* PySCF输出文件（.txt）
* Dmol3输出文件（.outmol）
* Gaussian检查点文件（.fch或.fchk）
* Gaussian输入文件（.gjf）
* ORCA输入文件（.inp）
* PubChem的JSON文件（.json）
* 其它包含分子结构的文件（.mol，.mol2，.pdb，.xsd，.xyz）

如果是包含多个结构的文件，将默认读取最后一个结构到MView中。

2.3. 查看分子
=============

.. image:: ../_image/MView_2.3.1.png

2.3.1. 显示分子坐标
-------------------

在生成或导入分子结构后，输出界面将自动显示分子中各原子的坐标数值，数据最后一列将显示原子电荷值，如导入文件中不存在电荷信息，则最后一列显示0.00。

单击工具栏中【清空显示】按钮能够清除输出窗口显示的文本信息，MView中的分子结构不会被清除。

单击工具栏中【显示坐标】按钮能够重新输出分子的坐标数值。

2.3.2. 可视化
-------------

MView目前不自带可视化功能，可以借助外接可视化程序的方式实现可视化。

外接好可视化工具后，单击工具栏中的【显示分子】按钮即可调用对应工具显示分子结构。

2.4. 删除分子
=============

单击【编辑】-【清除分子】，可以删除MView中的分子，同时出界面不会清空。

单击工具栏中【重置】按钮，可以重置整个MView程序，此时MView中的分子将被删除，且输出界面将会清空。

注意：删除分子是不可逆操作，将会完全丢失程序中的分子信息！

2.5. 保存分子
=============

在MView中存在分子结构的情形下，单击工具栏中【保存】按钮，可以将分子数据保存为文件。

支持的输出格式有：

* Gaussian直角坐标输入文件（.gjf）
* Gaussian内坐标输入文件（.gjf）
* Orca输入文件（.inp）
* 其它常见分子结构文件（.mol，.mol2，.pdb，.xyz）