Materials Studio官方教程:DFTB+——碳纳米管的几何优化 1天前 • MS教程, 理论计算, 计算干货, 计算方法 目的:介绍基本的利用DFTB+模块计算结构和电子性质的方法。 所用模块:Materials Visualizer、DFTB+ 前提条件:无 背景 DFTB+是一种基于密度泛函理论(DFT)双中心方法的半经验紧束缚方法。紧束缚方法的应用使其比普通DFT方法更快,但也使其依赖于称为Slater-Koster库的参数集合。该集合为标准有机分子和半导体提供了参数。 与基于力场的经典方法相比,量子力学方法通常能更好地处理与碳纳米管(CNT)之间的相互作用。然而,量子力学方法所能够处理的体系尺寸限制了其应用范围。DFTB+是在研究碳纳米管的经典模拟技术和量子模拟技术之间的折衷方法,具有量子力学计算精度,同时可以获得电子信息,同时可应用于标准量子力学技术无法达到的体系尺寸。 介绍 在本教程中,将使用DFTB+模块对碳纳米管进行几何优化,并计算其能带结构。 本教程包括如下部分: 开始 初步建立结构模型 设置几何优化计算任务参数 性质选择 设置计算任务控制参数并运行计算 结果分析 注意:为了和本教程中的参数保持一致,可以使用Settings Organizer对话框将项目中所有参数都设置为BIOVIA的默认值。 1、开始 首先启动Materials Studio并创建一个新项目。 打开New Project对话框,输入DFTB CNT作为项目名,单击OK按钮。 新项目将以DFTB CNT为项目名显示于Project Explorer中。 2、初步建立结构模型 第一步是使用纳米结构建立工具创建一个10 × 10的碳纳米管。 从菜单栏中选择Build | Build Nanostructure | Single-Wall Nanotube,打开Build Single-Wall Nanotube对话框。将N和M设置为10,单击Build按钮。关闭Build Single-Wall Nanotube对话框。 为避免碳纳米管的周期性镜像之间的相互作用,应增加垂直于碳纳米管方向的晶胞参数。 从菜单栏中选择Build | Symmetry | Lattice Parameters,打开Lattice Parameters对话框。在Advanced选项卡中,取消勾选在改变晶格时保持分数坐标固定Keep fractional coordinates fixed during changes to the lattice复选框。在Parameters选项卡中,设置长度a和b为30,关闭对话框。 将要对碳纳米管进行几何优化,包括优化晶胞长度。为保持所设置的周期性晶格长度,需要对坐标轴加以固定。 从菜单栏中选择Modify | Constraints,打开Edit Constraints对话框。在Lattice选项卡中,勾选a、b、α、β和γ复选框,关闭对话框。 当进行计算时,晶胞长度a和b将保持固定。 3、设置几何优化计算任务参数 现在已经准备好设置DFTB+计算任务。 单击Modules工具条上的DFTB+按钮,选择Calculation,或在菜单栏中选择Modules | DFTB+ | Calculation。 将打开DFTB+ Calculation对话框。 DFTB+ Calculation对话框的Setup选项卡 从Task下拉列表中选择Geometry Optimization。 单击More…按钮,打开DFTB+ Geometry Optimization对话框。 DFTB+ Geometry Optimization对话框 将使用优化晶胞选项弛豫晶胞常数。由于已经固定了a和b晶格长度,Optimize cell选项将只优化c晶格长度。 单击Optimize cell复选框,关闭对话框。 为了运行DFTB+计算任务,必须选择有效的Slater Koster库。DFTB+要求在库中定义目标结构中所有可用元素之间的相互作用。单击View按钮可以显示每个库的快速概览。在本教程中,将使用CHNO库。 在DFTB+ Calculation对话框的Electronic选项卡中,从Slater Koster library下拉列表中选择CHNO库。 注意:如果要使用DFTB+计算包含任何可用参数集合都不支持的原子相互作用的结构,可以使用DFTB+参数化任务自行创建参数。这将使用DMol3执行DFT计算。 4、性质选择 除了进行几何优化之外,还可以选择在优化后的结构上计算的一系列性质。在本教程中,将计算CNT的能带结构。 在Properties选项卡中,在性质列表中勾选Band structure复选框,将k-point set设置为Fine。 由于计算一维结构的能带结构,应建立布里渊区路径,仅保留与纳米管方向一致的那条路径。 单击Path…按钮,打开Brillouin Zone path对话框,单击Create按钮,然后删除除Z to G路径之外的其他所有布里渊区路径。 注意:如果使用动力学Dynamics任务生成了轨迹文件,可以使用Forcite Trajectory Analysis功能进行进一步分析。 5、设置计算任务控制参数并运行计算 可以使用DFTB+ Calculation对话框的Job Control选项卡上的命令来对计算任务进行控制。 可以选择计算运行的网关位置,并设置各种选项,如任务描述。还可以指定实时更新参数设置和计算任务完成选项。 现在可以运行DFTB+几何优化计算任务了。 单击Run按钮并关闭对话框。 将显示一个名为Status.txt的文本文档,报告计算运行的状态。这个文档会定期更新,直到计算完成,该文档可指示计算进度。 6、结果分析 当计算任务完成时,结果将返回到Project Explorer中的SWNT DFTB+ GeomOpt文件夹。 在SWNT DFTB+ GeomOpt文件夹中,双击SWNT.txt。 SWNT.txt文件包含对计算任务和结果的概览。SWNT.dftb文件包含最后一次DFTB+计算得到的单点能输出。如果计算出现错误,该文件也可给出有用的解决方法信息。 将优化好的SWNT.xsd文件作为当前文档。 为了可视化能带结构,应对输出文档进行分析。 单击Modules工具条上的DFTB+按钮,选择Analysis,或在菜单栏中选择Modules | DFTB+ | Analysis。 打开DFTB+ Analysis对话框。 DFTB+ Analysis对话框 选择Band structure,单击View按钮。 将创建并显示一个图表文件,示出CNT的能带结构,注意在费米能级处交叉的特征能带。 DFTB+ Analysis视图的能带结构Band structures 本教程到此结束。 声明:如需转载请注明出处(华算科技旗下资讯学习网站-学术资讯),并附有原文链接,谢谢! DFTB+DFTB+模块计算结构Materials Studio官方教程 赞 (0) 0 生成海报 ACS Catalysis:同步辐射表征也有局限性! 上一篇 1天前 张华彬AM: Ru-Cu单元上超快电荷转移,增强光催化H2O2制备 下一篇 1天前 相关推荐 Materials Studio官方教程:CASTEP——Pd(110)表面上的CO分子的差分电荷密度 2025年3月10日 Materials Studio官方教程:Cantera模块—在连续搅拌釜式反应器中模拟氢和氧溶液的应用 2025年3月17日 Materials Studio官方教程:Cantera模块—层流预混火焰 2025年3月10日 Materials Studio官方教程:DMol3——模拟电子输运 2025年3月10日 Materials Studio官方教程:Cantera模块—利用灵敏度分析简化反应机理 2025年3月13日 Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质 2025年3月11日