Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质

同步辐射2500元/元素起,开学季疯狂折扣,限时直降1000元!

经费预存选华算:重磅加码,高至30%预存增值!

目的:介绍使用CASTEP模块计算线性响应和热力学性质的方法。
所用模块:Materials Visualizer、CASTEP
前提条件:利用第一性原理预测AlAs的晶胞参数(Predicting the lattice parameters of AlAs from first principles)教程
背景
线性响应,或称密度泛函微扰理论(DFPT)是晶格动力学从头算中最流行的方法之一。然而,该方法已扩展到研究振动性质的应用领域。线性响应是一种在给定扰动下计算总能量二阶导数的分析方法。根据扰动的本质,可以计算出多种性质。通过离子位置的微扰可以得到动力矩阵和声子;在磁场中引起NMR效应;在单位晶格矢量中算得弹性常数;在电场中引起介电响应等。在一些教科书中已有详细阐述晶体中声子或晶格振动的基本理论。可通过大量物理性质来说明晶格动力学中声子概念的重要性,例如下列物理性质可以通过声子来解释:红外、拉曼和中子散射光谱;比热、热膨胀和热传导系数;电子-声子相互作用,从而产生电阻率和超导电性,等等。密度泛函理论(DFT)方法可用于预测此类性质,CASTEP提供了这一功能。
注意:目前还不支持使用超软赝势进行DFPT声子计算,也不支持自旋极化系统的DFPT计算。然而,声子谱和相关性质可以利用在有限差分方法用这些设置来计算。
介绍
在本教程中,将要学习如何使用CASTEP来完成线性响应计算的方法,从而计算声子散射和声子态密度,以及预测热力学属性如焓和自由能。
本教程包括如下部分:
  • 开始
  • 优化锗晶胞的结构
  • 计算声子散射谱和态密度(DOS)
  • 显示声子散射和态密度
  • 显示热力学性质
  • 显示原子位移参数
注意:为了和本教程中的参数保持一致,可以使用Settings Organizer对话框将项目中所有参数都设置为BIOVIA的默认值。
1、开始
首先启动Materials Studio并创建一个新项目。
打开New Project对话框,输入Ge_phonon作为项目名,单击OK按钮。
新项目将以Ge_phonon为项目名显示于Project Explorer中。
首先导入Ge结构,该结构包含在Materials Studio的结构库中。
在菜单栏中选择File | Import…,打开Import Document对话框。导航至Structures/metals/pure-metals文件夹,选择Ge.xsd文件。
2、优化锗晶胞的结构
将结构转换为初级胞表示,可以显著加速计算。
在菜单栏中选择Build | Symmetry | Primitive Cell
显示Ge的初级胞。
Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质
现在,使用CASTEP优化Ge晶胞的几何构型。
Modules工具条中单击CASTEP按钮Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质后面的下拉箭头,然后从下拉列表中选择Calculation,或从菜单栏中选择Modules / CASTEP / Calculation
打开CASTEP Calculation对话框。
Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质

CASTEP Calculation对话框Setup选项卡

几何优化的默认值不包括对晶胞参数的优化。
Setup选项卡中,把计算任务Task设置为几何优化Geometry Optimization,将泛函Functional设置为LDA。由于Ge是半导体,取消勾选Metal复选框。将精度Quality设置为Ultra-fine,这是用于计算材料振动特性的推荐设置。
单击More…按钮,打开CASTEP Geometry Optimization对话框。从晶胞优化Optimize cell的下拉列表中选择Full,关闭对话框。
在CASTEP Calculation对话框中,选择Electronic选项卡,将赝势Pseudopotentials设置为模守恒Norm conserving(仅能使用模守恒赝势计算声子性质的线性响应)。
Job Control选项卡,在网关位置Gateway location下拉列表中选择想要运行CASTEP计算任务的网关。把运行时间优化Runtime optimization设置为Speed
单击Run按钮运行计算任务。
计算任务提交并开始运行。计算大概需要几分钟时间,这主要取决于电脑的速度。计算结果将在名为Ge CASTEP GeomOpt的新文件夹中。
3、计算声子散射谱和态密度(DOS)
利用DFPT可精确计算倒数空间中任意给定点的声子频率。但是,每个q点的计算需要大量计算资源。另一种方法可用于需要大量q点的声子频率的计算,例如声子DOS和热力学性质。这种替代方案使用晶体中相对较短的有效离子-离子相互作用范围。插值可用于减少计算时间而不损失精度。精确的DFPT计算仅在少量的q矢量上执行,然后使用计算量很小的插值程序获得其他需研究的q点处的频率。使用插值方案代替精确计算的一个优点是,低温下的热力学性质强烈依赖于声子DOS网格中选取的点的数量。使用插值方法,可以在不增加计算成本的情况下增加该数量。
为了计算态的声子色散和声子密度,在从CASTEP Calculation对话框的Properties选项卡选定适当的性质后,必须执行一个单点能量计算。
确定Ge CASTEP GeomOpt文件夹中的Ge.xsd文件为当前文档。
在CASTEP Calculation对话框的Setup标签中,将Task设置为Energy
Properties选项卡中选择声子Phonons,通过选择Both选项,同时计算态密度和散射谱。
单击More…按钮,显示CASTEP Phonon Properties Setup对话框。确保Method为线性响应Linear response,以及使用插值Use interpolation复选框已勾选。确定插值的q矢量网格间距q-vector grid spacing for interpolation为0.05 1/Å,将散射Dispersion和态密度Density of states的计算精度Quality设置为Fine
关闭对话框。
单击Run按钮,关闭CASTEP Calculation对话框。

计算任务提交并开始运行。这是一项更耗时的计算任务,在多核计算机上可能需要大约10分钟完成。在Ge CASTEP GeomOpt文件夹中创建了一个名为Ge CASTEP Energy的新文件夹。当能量计算完成后,此文件夹中产生两个新文件Ge_PhononDisp.castep和Ge_PhononDOS.castep。

4、显示声子散射和态密度
声子散射曲线显示出声子能量沿着布里渊区高对称性方向对q向量的依赖性。此信息可以从单晶的中子散射实验中获得。只有为数不多的材料可以获得该信息,所以理论散射曲线有助于确定建模方法的有效性,以证明从头算方法的预测能力。在一定情形下,可测量态密度而不是声子散射。此外,在隧穿实验中可以直接测量与声子DOS直接相关的电子-声子相互作用函数。因此,能够从第一性原理计算声子DOS是很重要的。Materials Studio可以从任何.phonon CASTEP输出文件中产生声子散射图和态密度图。这些文件隐藏在Project Explorer里,但每个带有PhonDisp或PhonDOS后缀的.castep文件都会生成.phonon文件。
提示:在计算声子DOS时,仅使用Monkhorst-Pack网格上声子计算的结果。
现在,使用之前的计算结果创建声子散射图。
从菜单栏中选择Modules | CASTEP | Analysis,打开CASTEP Analysis对话框。从性质列表中选择Phonon dispersion。确定结果文件Results file选择框中显示的是Ge_PhononDisp.castep
从单位Units下拉列表中选择cm-1,并从图像类型Graph style下拉列表中选择Line
按下View按钮。
在结果文件夹中创建了一个新的图形文档Ge Phonon Dispersion.xcd。它应与下图相似:
Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质

声子散射的实验图如下所示:

Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质
预测的频率可从Ge_PhononDisp.castep文件中得到。
在Project Explorer中双击Ge_PhononDisp.castep。按下CRTL+F键,搜索Vibrational Frequencies
即显示结果文件中的如下部分内容:
Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质
Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质

注意:由于起始模型的结构存在细微差异,因此得到的结果可能与所示结果略有不同。

每一个q点和每一个分支(纵向光学或声学(LO/LA)、横向光学或声学(TO/TA))的频率以cm-1为单位表示,同时也给出了q点在倒易空间中的位置。高对称性点Γ、L和X在倒易空间中的位置分别为(0 0 0)、(0.5 0.5 0.5)和(0.5 0 0.5)。
预测的频率和实验的频率(以cm-1为单位)如下:
Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质
总体来说,计算的精度是可以接受的。通过使用更密集的SCF k点网格进行计算,可以获得与实验结果更好的一致性。
现在创建声子态密度图。
从CASTEP Analysis对话框的性质列表中选择声子态密度Phonon density of states。使Ge.xsd为当前文档,并确定Results file 选择框中显示的是Ge_PhononDOS.castep
DOS display设置为Full。单击More…按钮,打开CASTEP Phonon DOS Analysis Options对话框。从插值方法Integration method下拉列表中选择插值Interpolation,将精度等级Accuracy level设置为Fine。单击OK按钮,在CASTEP Analysis对话框中单击View 按钮,创建了一个新的DOS图表。
选择插值方案以获得DOS的最佳表示;另一种设置是展宽smearing,生成的DOS细节过少。
创建了一个新的图表文件Ge Phonon DOS.xcd,它应当与下图相似:
Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质

5、显示热力学性质

在CASTEP中的声子计算可以用来评价准谐近似下晶体的焓、熵、自由能、晶格的热容对于温度的依赖性。可以用这些结果和实验数据(如热容的测量值)相比较,或用于预测结构经过不同修正后的相稳定性或相变。
所有与能量相关的性质均绘制在同一曲线图中,并包含了零点能的计算值。热容被单独绘制在图表文件的右侧。
注意:熵以TS乘积的形式表示,以便与焓进行比较。
现在使用声子计算的结果创建热力学性质图表。
CASTEP Analysis对话框的性质列表中选择热力学性质Thermodynamic properties。使Ge.xsd为当前文档,确定Results file选择框中显示Ge_PhononDOS.castep文件。
勾选德拜温度Debye temperature复选框,单击View按钮。
在结果文件夹中创建了两个新的图表文件Ge Thermodynamic Properties.xcd和Ge Debye Temperature.xcd:
Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质
Materials Studio官方教程:CASTEP——预测锗的热力学性质
没有非谐性的实验结果(Flubacher et al., 1959)表明,在高温极限的Debye温度是395(3)K。模拟计算得到的Debye温度是396 K,与实验值相符。
总体来说,实验曲线和CASTEP得到的曲线非常相似。在25K左右有一个凹陷处,德拜温度的最低值为255K,这与CASTEP预测的结果完全一致。使用本教程中的计算设置,在非常低的温度下曲线的形状不够精确。需要对低频声学模式进行更好的采样,这可以通过在声子态密度计算中使用更精细的Monkhorst-Pack网格来实现。
6、显示原子位移参数
原子位移参数,也称为温度因子,可以通过声子计算来估计,并在可视化工具中以椭球状显示。
CASTEP Analysis对话框的性质列表中选择热力学性质Thermodynamic properties。使Ge.xsd为当前文档,确定Results file选择框中显示Ge_PhononDOS.castep文件。
单击为结构分配温度因子Assign temperature factors to structure按钮。
此操作向每个原子添加有关各向异性温度因子的信息。可以使用Properties Explorer查看这些值。本教程中产生的B因子值为0.545 Å2,与实验结果非常一致(介于0.52和0.55 Å2之间)。
要将温度系数可视化为椭球体,打开Display Style对话框的温度因子Temperature Factor选项卡,然后单击Add按钮。即已显示了椭球体,但它们可能会被倒易空间对象遮挡。通过在Display Style对话框Reciprocal选项卡上取消勾选显示倒易晶格Display reciprocal lattice复选框,可以隐藏倒易空间对象。
本教程到此结束。
参考文献
Flubacher, P.; Leadbetter, A. J.; Morrison, J. A. “The heat capacity of pure silicon and germanium and properties of their vibrational frequency spectra”, Phil. Mag., 4, 273-294 (1959).

声明:如需转载请注明出(处华算科技旗下资讯学习网站-学术资讯),并附有原文链接,谢谢!
(0)
上一篇 15小时前
下一篇 15小时前

相关推荐