MS教程|计算UiO-66的Solvent surfaces!

溶剂化表面:探针在范德华(vdW)表面上滚动时,探针中心的轨迹所形成的表面。这个表面描述了一个空间,原则上可以由给定半径的探针占据,而不考虑这些点的可访问性(两个不同探针的溶剂表面在图中分别以红色和蓝色显示)。

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具体步骤如下:

步骤 1:导入 CIF 文件并可视化

1. 打开 Materials Studio,新建一个项目(Project)。  

2. 在菜单栏点击 File  Import,选择 UiO-66 CIF 文件(可从 CCDCMaterials Project 等数据库下载)。

3. 确认结构正确显示在 3D 视图中。

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步骤 2:调整显示方式

1. 通过点击鼠标右键打开Display Style,调整为球棍模型。

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步骤3:通过菜单栏ToolsAtom Volumes &Surfaces

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步骤4:计算Solvent surfaces

1. 打开结构文件:确保优化后的 UiO-66 结构处于激活状态。  

2. 进入表面分析模块: 点击菜单栏 Modules → Tools → Surface Analysis.

3. 设置Solvent surfaces 参数:

Probe Radius: 1.4 Å(默认水分子探针半径,可调整)。 

Grid Resolution: 0.1 Å(更高分辨率更精确,但耗时更长)。  

Surface Type: 选择 Solvent surfaces

4.  运行计算:点击Create,等待计算完成。

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步骤5:通过点击鼠标右键打开Display Styleisosurface进行个性化调整。

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步骤6:通过工具栏进行其他效果的调整。

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步骤7:导出结果。

保存图像:

截图或通过 File → Export 保存为图片格式(bmp)。

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