VASP脚本使用手册丨三个过渡态计算必备脚本

大家是否在VASP的漫长计算中感到疲惫？是否在重复的文件转换中感到枯燥？

别担心，华算科技将与大家分享一些实用的VASP脚本，这些脚本将帮助我们简化工作流程，提升数据处理效率，甚至达到99%的提升！让VASP的使用变得更加轻松愉快，真正成为我们科研路上的得力干将。

脚本介绍

本期介绍的是NEB计算脚本系列之生成中间态结构、读取极值点能量及受力，脚本为过渡态计算中需要用到的脚本，下面以单层石墨烯上Pt扩散为例进行介绍：

扩散方向如下图所示，1号位点为起始位点，2号位点为终止位点。

脚本016

构建扩散路径上的中间态结构

POSCAR1 POSCAR2 (num)。POSCAR1与POSCAR2分别为起始和终止的结构，num表示生成的中间态结构个数。

nebmake.pl POSCAR1 POSCAR2 3

第一步：

准备好POSCAR1和POSCAR2文件。输入nebmake.pl POSCAR1 POSCAR2 3

第二步：

ls查看。此时工作文件夹下自动生成00-04四个文件夹，00里面储存了起始结构的POSCAR，04里面储存了终止结构的POSCAR，01-03储存了3个中间态结构的POSCAR。结构准备完成后，准备好输入文件（INCAR、POTCAR、KPOINTS）就可以开始过渡态计算了。

第三步：

结构准备完成后，准备好输入文件（INCAR、POTCAR、KPOINTS）就可以开始过渡态计算了。

脚本017

从XDATCAR中提取结构

输出过渡态计算中中间结构的能量和受力情况，可在计算中使用查看收敛情况。

nebef.pl

第一步：

直接输入nebef.pl。能量差值对应势垒图上的数据点。

脚本018

生成文件 neb.dat

其中包含中间态结构之间的距离、每个结构的能量以及沿着扩散方向上的力。

nebbarrier.pl

第一步：

在当前工作窗口直接输入nebbarrier.pl，得到neb.dat文件。

第二步：

cat命令读取neb.dat

结语

通过这些脚本的分享，希望能够帮助大家减少VASP使用中的重复劳动，让我们有更多时间专注于科研的创新和探索。记得，自动化不仅是一种技术手段，更是一种智慧的体现。

想要获取更多的VASP使用技巧，欢迎关注我们的公众号，我们将不定期更新更多干货。

让我们一起享受自动化带来的便捷，让VASP成为科研路上的得力助手！

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