同步辐射XAFS,保姆级Athena软件数据分析教程!

同步辐射是一种由接近光速运动的带电粒子在磁场中产生的电磁波。具有高准直、 宽波段、高亮度、时间分辨等优点。

同步辐射是研究微观动态结构和瞬态过程的最先进技术,是物理、化学、材料、生物和医学等领域不可替代的工具。
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同步辐射XAFS数据处理中,数据导入是开启分析的第一步,本期内容将会重点介绍如何正确导入XAFS数据,内容包含四个部分:
一、Athena的简介
二、Athena的功能
三、Athena初步认识
四、Athena数据导入
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一、Athena的简介
Athena是一个用于处理XAFS数据的交互式图形实用程序,它可以处理光束线上大多数常规数据。
Athena是Matt Newville 的IFEFFIT库的前端,用 Perl 编程语言编写,并使用Gnuplot程序显示数据。最初在 Linux 上开发,并在各种Windows 版本上进行了测试,目前可以在任何操作系统上运行。
Athena通过高度可用的界面提供高质量的分析。可以对单个数据集的处理和绘图也支持大量数据进行处理和可视化。
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1.1 Athena软件

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二、Athena的功能

Athena有众多功能,如下所示:

🔸将原始数据转换为μ(E)

🔸用于读取任意数据文件的文件导入插件
🔸同时处理和绘制多个数据扫描
🔸将数据合并为μ(E)、归一化μ(E)或χ(k)
🔸能量校准
🔸使用或不使用参考通道对齐数据扫描
🔸去毛刺、截断、卷积或平滑μ(E) 数据
🔸荧光光谱的自吸收校正
🔸计算差异光谱
🔸将标准线性组合拟合到μ(E)、μ(E) 的导数或 χ(k) 数据
🔸根据XANES 数据拟合峰值函数
🔸对数比率/相位差分析
🔸使用AUTOBK算法去除背景
🔸傅里叶变换与反傅里叶变换
🔸将数据保存为μ(E)、标准化 μ(E)、χ(k)、χ(R)或反变换 χ(k)
🔸保存项目文件
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三、Athena初步认识

双击其图标启动Athena,当Athena首次启动时,计算机屏幕上会出现类似下图的内容。Athena窗口分为几个部分。

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3.1  Athena的各部分

🔺窗口顶部是菜单栏。Athena 中的许多功能都可以通过这些菜单访问。
🔺最大的部分是主窗口,即图 3.1中所有控件都呈灰色的区域。主窗口分为六个部分。顶部框标记当前项目文件的文件名。在其下方是标记当前数据组的各种参数。
🔺接下来的三个框用于定义与规范化和背景消除、傅里叶变换和反傅里叶变换相关的参数。主窗口底部是几个与绘图相关的参数。
🔺屏幕底部是响应区域,用于 Athena处理数据遇到问题时显示错误消息以及其他类型的消息。
🔺右侧的大空白区域是群组列表区域。当数据被导入Athena时,它们将在此空间中列出。通过单击此空间可以访问已导入的数据。
🔺组列表区域顶部旁边是标记按钮,用于绘制多个数据集以及执行Athena中的许多其他任务。
🔺组列表区域下方是绘图按钮,用于设置在 k 空间中绘图或进行傅里叶变换时使用的 k 权重的按钮。再下方是绘图选项部分中的各种其他绘图控件。

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3.2  导入数据

导入多个数据文件后,每个文件都会形成一个数据组并列在组列表中。
标记框和旁边的复选按钮是Athena中与数据交互的主要控件。
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四、Athena数据导入

需要注意XAFS数据名称中同样不可以有非英文字符,存储路径中也不可以,后续的保存数据也不可以!

Athena在读取数据文件方面非常灵活。几乎任何以数字列形式呈现的数据都可以成功读取。Athena依靠IFEFFIT的命令read_data()来处理数据导入的细节。
IFEFFIT非常智能,能够识别文件的数字列。
接下来,我将演示如何将数据导入。
1、点击File,随后点击import data,或者直接将要处理的数据拖到工作框中。

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4.1 点击import data将数据导入

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4.2 直接拖动文件将数据导入

2、有时,Athena需要更多信息才能正确分析数据。数据类型菜单如图4.3所示。默认数据导入为μ(E)。
其他选择包括:
1️⃣xanes(E):在有限数据范围内测得的μ(E) 数据,无需查看 χ(k)。
2️⃣norm(E):已通过其他方式标准化的μ(E) 数据。这些数据不会被Athena标准化。
3️⃣chi(k)χ(k) 数据,即已从 μ(E) 中减去背景的数据。
4️⃣xmu.dat来自FEFF的xmu.dat 文件。
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4.3 列对话框中的数据类型

3、一旦选择了要导入的文件,就会出现多列对话框,这些列需要根据实验的性质进行组合。
对于透射模式测试根据基本公式:

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所以需要选择能量和吸收系数列。
其中I1是后电离室的光子数,I0是前电离室的光子数。
对于荧光模式:

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以下图中Fe foil  XAFS数据为例,通过透射模式采集,其第二列是能量,第三列是I0,第四列是I1。所以Energy选择第二列,Numerator(分子)选择第三列,Denominator(分母)选择第四列,同时需要勾选上Natural log(自然对数)。
也可以通过界面中下方的μ(E)公式实时观察选取参数的正确与否。在选取好分子之后,会自动显示图像,可以根据图像选择参数。
同时注意Data type和Energy unit(能量单位),有的线站可能采用KeV作为能量单位。

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4.4 透射模式测试数据导入

4、对于使用Lytle探测器荧光数据选择,不要勾选自然对数,分子选择I1,分母选择I0

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4.5 Lytle探测器荧光测试数据导入

5、对于使用固体探测器测得的荧光数据,分母选择I0,分子则选择相关的计数通道。

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4.6 固体探测器荧光测试数据导入

6、数据导入成功后,应显示如下。

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4.7 数据成功导入

7、如果数据导入错误的类型,可以通过选择 Group—Change data type并从弹出对话框中选择正确的选项,在任何能量值(μ(E)、归一化μ(E)、XANES 或探测器)记录类型之间进行更改。

但是,此对话框不能用于将 χ(k) 数据更改为能量值或反之亦然,也不能将 FEFF 类型之一更改为非FEFF类型。

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4.8更改组数据类型对话框

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